Vēsturiski Baltijas jūrā dzīvo divas medūzu sugas: ausainā aurēlija (Aurelia aurita) un ziemeļu cianeja (Cyanea capillata). Tā kā Baltijas jūrā ir salīdzinoši neliela sāls koncentrācija, medūzas sasniedz krietni mazākus izmērus nekā, piemēram, okeānos. Ik pa laikam tās tiek izskalotas krastā, līdzīgi kā aļģes.
